2006年世界杯足球赛种子队分别为德国、巴西、英格兰、西班牙、墨西哥、法国、阿根廷及意大利这八支劲旅，他们根据在过去两届世界杯决赛周的成绩及过去三年国际足联世界排名而成为种子队。八支种子队会各自分配单一小组，其他组别则尽量按地理位置分配（塞黑为排名最低的欧洲球队，被安排分配到“特殊组别”，原因是以免出现与超过二支欧洲球队同组）。除了欧洲外，每个小组中不可有两个来自同一洲的球队（因欧洲球队占本届世界杯最多的名额）。
抽签有以下规则：
除了欧洲外，每个小组中不可有两个来自同一洲的球队
曾经在欧洲区外围赛同组的球队不会获分配同一小组